文献解构miRamiR

很多临床医生都有晋升职称发表SCI的需求，怎么才能发表一篇实验数据真实，又快速能够确保实验经费投入能够高效率，高确定性的发表SCI呢？如下介绍从已发表的文献提取研究线索，并利用简单验证发表SCI的套路。

本文设计到的炎性肠病的实验设计十分经典，囊括的内容相当丰富，这类实验通过找到合适的靶基因，接下来的实验水到渠成。此类模式具有发表速度快，实验设计明确，条理清楚等特点。是我们临床医生快速发表文章的不二选择，敬请参考。

本文发布于期刊《Inflammatoryboweldiseases》，IF4.，为年的文章，虽然距今时间较长，但是文章的经典程度以及可讲解程度都是很高，作者BéresNóraJ一直致力于研究炎性肠病，其文章的解读意义可见一斑。

这类文章的结构要十分清晰，段落明确。

1.首先是研究背景及研究目的：炎症性肠病(IBD)是一种患病率逐渐增加的慢性炎症性疾病；2种主要亚型包括克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)。研究早发性IBD的病理机制对于了解疾病的始发事件极为重要。

开门见山造成炎性肠病相关基因网络：

图解1：根据IBD相关基因的microRNA-a、-和-的调控网络。靶向基因MiR-a,-,and-,基于MiRTarBase与来自儿童CD患者的微阵列表达数据重叠。富集分析得到18个基因本体论术语类别。类别节点的度数用圆的大小来表示。CEBPB，CCAAT/增强子结合蛋白β；FGF7，成纤维细胞生长因子7；HIF1A，缺氧诱导因子1-α；ICAM1，细胞间黏附分子1；IFNG，γ干扰素；IGJ，免疫球蛋白J链；NOS2，一氧化氮合酶2；OLR1，氧化低密度脂蛋白（凝集素样）受体1；PMAIP1，佛波醇-12-肉豆蔻酸-13-乙酸盐诱导蛋白1；SDCBP，多配体结合蛋白；SELE，选择素E；SOCS1，细胞因子信号转导抑制因子1；STAT1，信号转导子和转录激活子1；TLR2，Toll样受体2；TLR4，Toll样受体4。

2.研究的主要目的是探讨miR-a、-和-在IBD患儿炎症和非炎症结肠黏膜中的表达。肿瘤坏死因子(TNF)-a水平升高在IBD的病理机制中具有突出作用。作为慢性炎症过程中关键的促炎细胞因子，TNF-A与其他炎症介质共同参与免疫细胞的募集和活化。此外，TNF-a通过诱导与上皮表面失调有关的趋化因子和炎症介质来改变上皮屏障，导致结肠通透性增加。12-14这种复杂的生物学作用解释了抗TNF-a治疗的疗效，代表了管理难治性患者的一种重要治疗工具，显示了良好的临床结局并导致粘膜愈合。

3.文献阅读表明，表观遗传因素也是IBD的有效调节器。而且，TNF-a也被认为对表观遗传因素的表达有重要作用，包括microRNAs(miRs)的表达，miRs介导环境、宿主免疫系统和基因组之间的相互作用。

4.介绍微小RNA类群:MiRs是19～24个核苷酸长度的单链RNA，参与转录和转录后水平的基因表达调控。miRs表达的改变与不同的细胞功能有关，包括信号转导、分化、增殖或凋亡。此外，miRs在先天性免疫和获得性免疫过程中起着决定性的调节作用。在CD和UC成人患者中描述了miRs表达的改变；

5.标本采集:运用石蜡包埋取得溃疡性结肠炎标本，设立实验组及对照组，根据Porto标准，并且疾病活动性分数被孩子Crohn的疾病活动性索引(PCDAI)和孩子Ulcerative大肠炎活动性索引计算。

6.TNF-a治疗结肠上皮细胞及RNA分离

使用RNeasyMiniKit去除石蜡后，使用RNeasyMinElutespincolumns(Qiagen)从FFPE活检组织中分离总RNA。

7.逆转录和定量聚合酶链反应

对于TNF-a分析，使用MaximaFirststrandcDNASynthesisKit对FF活检的总RNA进行反转录，并使用LCSYBRGreenIMasterMix通过实时PCR定量测定。

图解2：miR-a（a和D）,-（B和E）,和-（C和F）在FFPE中的表达，以及CD,UC和对照儿童完整和炎症区域的FF活检组织中的表达。miR-a和-在CD和UC患儿炎症结肠区域的表达显著高于对照组；然而，miR-在CD患者肉眼完整活检组织中的表达显著高于对照组。

图解3：CD和UC患儿及对照组(a)的炎症性结肠黏膜中TNF-a的表达。在TNF-a处理的HT-29结肠上皮细胞中miR-a(B),-(C)和-(D)的表达。与对照组相比，CD和UC患儿结肠黏膜中TNF-a的表达升高。与对照组相比，TNF-a处理后人结肠上皮细胞中miR-a和-的表达显著升高。TNF-a对HT-29细胞中miR-的表达无影响。

8.生物信息学分析

通过t检验比较芯片数据，与对照组相比，显示显著过表达的基因的倍数变化阈值设定为1.5。从MiRTarBase数据库中选择经实验验证的靶基因，然后对衍生的数据集进行比较，并对重叠的基因进行进一步分析。

图解4：TNF-a—microRNA-a、-和-之间靶点相互作用的示意图。TNF-a被认为是一种主要的炎症介质，在IBD的发病机制中起重要作用。MiR-a,-和-可能作为TNF-a信号转导的调节因子，具有诱导细胞凋亡、炎症和细胞因子产生的能力。图的数据基于MiRTarBase的数据库，并手动富集了近期发表的数据。虚线箭头代表实验验证的（荧光素酶检测，MiR-mimic，MiR-inhibitorstudies）直接靶标，双线箭头代表直接和间接靶标（信号通路，有或无直接靶标基因）。AP1，激活蛋白1；cIAPS，细胞凋亡抑制剂；FADD，Fas相关死亡结构域；IKK，NF-kB抑制剂激酶；JNK，c-Jun氨基末端激酶；MAP3K1，有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶1；MEKK4/7，有丝分裂原活化蛋白激酶激酶4/7；NIK，NF-kB诱导激酶；RIP，受体相互作用蛋白；TNFR1，2，肿瘤坏死因子α受体1，2；TRADD，肿瘤坏死因子受体1型相关死亡结构域蛋白；TRAF2，TNF受体相关因子2。

9.结论：

①miR-a在CD、UC和对照组儿童结肠黏膜中的表达

FFPE活检中miR-a的表达在CD患儿肉眼可见炎症的结肠黏膜中显著高于完整的结肠黏膜区域。与对照组相比，CD和UC患者炎症肠道中miR-a的表达升高。

②miR-在CD、UC和对照组儿童结肠黏膜中的表达

miR-在FFPE活检组织中的表达显示，与完整CD粘膜和对照相比，炎症CD粘膜中的miR-表达具有统计学显著性升高。

③miR-在CD、UC和对照组儿童结肠黏膜中的表达

在CD患儿肉眼完整的结肠黏膜活检中，FFPE活检中miR-的表达在统计学上高于对照组。

④肿瘤坏死因子-α在CD、UC患儿及对照组结肠黏膜中的表达

CD和UC患儿结肠粘膜TNF-a的mRNA表达显著高于对照组，而UC和CD之间TNF-a的表达无显著差异。

⑤结肠上皮细胞(HT-29)经TNF-a处理后miR-a、-和-的表达

与溶媒对照组细胞相比，TNF-a处理显著增强HT-29人结肠上皮细胞中miR-a，而miR-的表达在TNF-a处理组和对照组之间无统计学差异。

10.结论：

基于MiRTarBase分析了儿童CD患者的微数组数据和miR-a,-,和-可能的靶基因。GO分析的分类与免疫调节过程密切相关，基因的网络定位显示了数据集中强大的内部凝聚力。这些发现强调了miRs在急性和慢性炎症中的相关性。研究显示，miR-a,-和-在CD和UC患儿结肠黏膜中的表达发生了改变，提示这些miRs参与了儿童IBD的发病机制。此外，事实上，TNF-a上调miR-a和-的表达表明这些miRs有助于调节IBD关键调控元件TNF-a的多种生物学效应。

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