文献速读丨肺炎患者mNGS检测样本的选择

随着mNGS技术在临床的广泛应用,mNGS已经成为对肺炎患者病原学的诊断体系中重要的一部分,然而不论选择什么检测方法,样本的选择始终是影响诊断结果准确性的重要因素之一,肺泡灌洗液是现在评估肺部感染最常用的样本,而近期的研究表明外周血-mNGS检测肺部感染病原体也是可行的，那么这两种样本各自的适用范围又是怎样的呢?

01外周血和BALF中病原体核酸的来源

mNGS需要对样本的核酸进行检测,通过专业数据库的比对进行病原体的种属鉴定,这就必然要求样本中存在病原体的核酸,血液中的病原体核酸来源一般来自两个方面:

①微生物易位，包括人类自带的微生物或外界环境通过器官的上皮黏膜（如胃肠道、口腔、生殖道等）进入的微生物。

②环境中病原体的侵袭,当组织黏膜因局部感染（如口腔、肺部和皮肤感染）或物理损伤（如侵袭性手术或意外伤害）而受损时，侵袭性病原体可能会进入血流，在严重情况下会导致菌血症或病毒血症。

BALF中病原体核酸来源可能来源于三个方面：呼吸道感染、血流感染或者是邻近组织的感染。

02用于肺炎诊断的mNGS样本类型

肺炎诊断常见的样本见下表,一般情况下,血液被认为是无菌的,利用mNGS检测出来的病原体具有很高的临床价值,而呼吸道与环境相通,有稳定的定植菌群,因此检测出来的病原体需要面对区分定植菌和致病菌的问题,同时,BALF的取样时需要一个侵入的过程,对某些不耐受或者不愿意的患者非常不友好，此外，相对于血液，BALF中的人源序列的比例较少，这使得mNGS检测变得简单，灵敏度也更高。

03两种样本mNGS检出的性能比较

湘雅二院曾回顾性分析了39例肺炎患者进行了外周血-mNGS和BALF-mNGS检测结果，研究发现BALF-mNGS比外周血-mNGS更为敏感（81.3%vs.25.0%，p＜0.），然而特异性的差异无统计学意义（76.9%vs.84.6%，p＜0.）。

此外，医院胡必杰团队的中国首次mNGS检测的大样本研究，BALF-mNGS的阳性检出率可以达到54.02%,高于外周血-mNGS的34.6%。因此从检测性能上来看，BLAF样本的mNGS检测优于使用外周血样本。

04外周血样本的优势

Famaes等人曾经对年6月1日至年1月22日入院的15例儿童CAP患者进行研究，发现他们的平均住院时间为14天，提示外周血-mNGS倾向于在复杂病情中使用，此外外周血-mNGS检出了额外8例肺炎链球菌感染，EB病毒，腺病毒等DNA病毒，同时，外周血无创采样的特点也为临床实践提供了极大的便利。更为最重要的是，外周血-mNGS有望成为预测临床感染的可靠筛选方法。一项前瞻性的前瞻性队列研究，对47例有血流感染（BSI）的复发儿童癌症患者的血液样本mNGS检测，外周血-mNGS可在发病前3天预测大约75%的患者的BSI，总特异性为82%（95%可信区间，66%-91%），可能指导先发制人治疗策略的指导。根据现有的公开文献报道，外周血-mNGS已在诊断多种临床感染性疾病中应用，如血流感染、肺和肺外结核（TB）、侵袭性真菌/寄生虫感染、心内膜炎、尿路感染和实体器官移植后继发感染等。

05总结：样本选择的策略

mNGS应用于肺炎病原体诊断时，应该综合考虑感染的来源、病程阶段、病原体种类以及病人对取样的耐受情况（例如：血液病患者血小板低下时，不适合肺泡灌洗的侵入性操作）等多种因素建立起了的合理的临床假设，再行样本选择。BALF-mNGS对细菌、真菌以及RNA病毒（例如呼吸道病毒）的感染更敏感，外周血-mNGS可能倾向于肺炎病情较为复杂时使用，当肺炎发展至脓毒症、病毒血症或者难以获得BLAF的重症肺炎患者，可以考虑行外周血-mNGS。

参考文献1、Hong,D.K.etal.Liquidbiopsyforinfectiousdiseases:sequencingofcell-freeplasmatodetectpathogenDNAinpatientswithinvasivefungaldisease.DiagnosticMicrobiologyandInfectiousDisease92,-,doi:10./j.diagmicrobio..06.().2、Miao,Q.etal.MicrobiologicalDiagnosticPerformanceofMetagenomicNext-generationSequencingWhenAppliedtoClinicalPractice.ClinInfectDis67,S-S,doi:10./cid/ciy().3、Farnaes,L.etal.Community-acquiredpneumoniainchildren:cell-freeplasmasequencingfordiagnosisandmanagement.DiagnMicrobiolInfectDis94,-,doi:10./j.diagmicrobio..12.().-END-预览时标签不可点收录于话题#个上一篇下一篇

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