文献解读VarseqCNV工具在NGS

文章题目：使用下一代测序法检测家族性高胆固醇血症（FH）中LDLR基因拷贝数变异

文章来源：PMID:

加拿大Robarts研究所

使用工具：VarSeqCNVcaller

背景介绍：

家族性高胆固醇血症（FH）是LDL胆固醇严重升高的一种遗传性疾病，主要由LDL受体基因（LDLR）中的常染色体共显性突变引起。FH的分子诊断方法通常包括靶向NGSpanels以检测小的DNA变异，再加上对LDLR进行多重连接依赖性探针扩增（MLPA）以检测整个外显子的CNV拷贝数变异。

在本次例FH患者样本中，两种方法（NGSVSMLPA）的LDLRCNV检测结果一致性为％，MLPA鉴定到的38例CNVs报告也被NGS方法检测到；而MLPA检测的例CNVs阴性，使用NGS也为阴性。

这一结果表明，NGS可以作为强有力的检测手段，有代替MLPA对FH疾病的常规筛查的可能性，不仅可以显著降低相关成本，资源和分析时间，而且可以促进临检实验室对这类重要突变的评估。

分析过程：

结果展示：

例FH患者中有38例（9.8％）呈CNV阳性，FH患者中全外显子CNV的患病率（9.8％）与前人研究的统计数据相似。

Varseq识别的NGSCNV及其相关状态与MLPA结果%一致。这些患者中的大部分（38例中的35例，92.1％）有杂合缺失，其中13例跨越多个外显子，另外的三例检测到的重复。MLPA对CNV阴性的份样本也是NGS阴性的。

在LDLR外显子2-6中具有杂合缺失的FH患者（受试者GL）检测CNV缺失：

MLPA（上图）和NGS（Varseq结果下图）均在LDLR外显子2-6中检测到了杂合缺失，其中Varseq的结果是Ratio0.5左右，Z-score小于-8以下，意味着杂合缺失。

在LDLR的7号外显子中具有重复的FH患者（受试者GL）检测CNV复制

MLPA（上图）和NGS（Varseq结果下图）均在LDLR的7号外显子中检测到了重复。其中Varseq的结果是Ratio为1.47左右，Z-score为7.3，意味着重复。

VarseqNGSVSMLPA没有误报和假阴性，特异性和灵敏度均为％

经验总结：

1目前诊断实验室的流程通常包括先进行靶向NGS测序和分析，其后是MLPA验证。我们的研究结果表明，潜在CNVs的信息也存在于NGS数据中，MLPA的验证也许不必要，特别是对于LDLR基因检测。如果拥有适当的NGS生物信息学工具，就可以在一个平台和单次分析过程中同时得到小型和大型变异的检测结果。

2在过去的十多年中，MLPA一直被认为是对LDLR进行CNV检测的“黄金标准”。以前已经对NGS数据中寻找和预测CNV进行过研究，但是它仍然是一个相对较新和具有挑战性的领域。常用的CNV分析软件包括CoNIFER，ExomeDepth，ExomeCopy，XHMM和CNV-seq;然而这些方法已经显示出高比例的假阳性CNV，这对潜在的临床使用造成了主要限制。

3研究利用我们独特的大量已知LDLRMLPA阳性和阴性样本作为参考标准，来评估此生物信息学方法在FH临床诊断环境中对CNV检测的适用性。

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