数据复用翻花样解读lncRNA经典文献
数洞研究院数洞研究院正式登陆新版GCBI学院，其前身是领域联盟实验室(包括肺癌、胃癌、肝癌、乳腺癌、结直肠癌)。数洞研究院最大的价值，是从文献大数据、基因大数据分析得出具备指导性的可靠结果。我们希望在这里为大家提供具备复用价值的数据，以供各位参考使用。推荐理由1.文章思路新颖，提供了研究ncRNA的编码能力，和基因的作用关系，功能实验，细胞定位实验，ncRNA与蛋白的结合位置以及ncRNA与蛋白如何调控基因的启动子区域等。2.文中更多的是提到的是用实验方法找到lncRNA与基因的关系，同样的数据如果用生物信息学的方法能否找到其他相关的lncRNA和mRNA后进行验证。文献信息TheLongNoncodingRNAlncTCF7PromotesSelf-RenewalofHumanLiverCancerStemCellsthroughActivationofWntSignalingPMID:影响因子：22.肝细胞癌(HCC)是肝癌最普遍的亚型之一，具有高复发性和异质性。肝癌干细胞可能导致这两种致癌特性，但是阐明他们再生和维护的机制还不清楚。这里，使用转录本芯片，研究者识别出一种长链非编码RNAlncTCF7，在肝细胞癌和肝肿瘤干细胞中都高表达。LncRNATCF7对肿瘤干细胞的再生和肿瘤增殖很有必要。LncRCF7和SWI/SNF复合体一起调控TCF7的启动子区域，促进TCF7的表达，最后导致激活Wnt信号通路。数据表明lncTCF调节的Wnt信号通路参与初期的肝癌干细胞的再生和肿瘤增殖。研究者鉴别出以lncRNA为基础的Wnt信号调节通路，促进肝癌干细胞致癌性，凸显lncRNA在肿瘤的生长和增值中的重要作用。样本信息芯片类型：GPL[HuGene-2_0-st]AffymetrixHumanGene2.0STArray样本数量：8个GEO编号：GSE,GSE物种：人数据复用方案利用已经发表的公共数据，使用生物信息学的方法进行差异ncRNA和mRNA的筛选，找到与实验相关的差异表达的mRNA和ncRNA，同时利用共表达网络分析找到ncRNA与mRNA的关系，以说明ncRNA可能与mRNA的表达趋势一致，ncRNA可能调控mRNA，同时借鉴mRNA的功能注释和信号通路注释，间接找到ncRNA可能具有的功能和信号通路，以便挑选进行后续实验验证。想要知道数据哪里找、怎么用，快来新版GCBI学院的“数洞研究院”看吧！需要查看方案运行结果，请到实验室联系服务顾问，申请加入肝癌联盟实验室。更多内容，输入暗号查看如何从《Science》文章中挖掘出新方向GCBI助力“国自然”申请系列之撰写标书技术宅告诉你——基因芯片样本如何处理乳腺癌化疗中蒽环类化疗药耐药监测新指标-下篇经验宝典
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