PubMed携手小工具,简单几步搞定文

相信很多小伙伴，包括笔者自己，在最初接触PubMed时，就是简单地输入关键词进行搜索。然而，检索出来的文献往往数量特别多，多到笔者感觉一年都读不完。这时候就要对检索出来的文献进行分析，因为检索文献并不是目的，我们最终目的是参考别人的研究、试验方法、结果等，从而分析研究的局限性，来确定自己的选题。用PubMed分析文献如何进行文献分析确实是一件令人头疼的事情。其实PubMed自身就可以用来分析文献。举个栗子我们以时下的热点——「COVID-19treatment」为关键词，在PubMed上检索，结果如下。图片来源：PubMed可以看到结果共有篇，如此多的文献，一篇一篇浏览有点不太现实，需要将结果进行分析。点击右上角的「Sendto」，选择「File」，在下面的框里「Format」那一栏选择「CSV」，其他默认即可，点击「CreateFile」。图片来源：PubMed此时，我们会得到一个Excel文件，打开看一看。图片来源：笔者的电脑仔细分析一下这个表格，我们会发现除了「Title」、「URL」、「Identifiers」这几列（参考价值并不大），其他的标题并不明确，也就是我们无法立刻get表格里某一列的内容。再仔细分析一下发现，这个表格里的内容似乎并不是我们最需要的，用这个结果进行文献分析，怕是也分析不出啥结果。Ok，接下来笔者要介绍一个小工具，结合PubMed使用，效果杠杠滴！PubMed2XL大家可能都听说过Python，当然这里笔者并不是跟大家推荐Python，这玩意学起来忒费劲，要使用Python进行分析，怕不是等学会了也毕业了……今天推荐的工具——PubMed2XL，是一位叫Arora的外国友人使用Python搞出来的一个开源程序。它可以将在PubMed上下载的XML格式的文件转换成Excel（.xls）或OpenOffice（.ods）格式的文件，再使用PubMed2XL打开文件。其实，关于文献分析的工具还有很多，例如GoPubMed、PubReMiner等，不过前者去年貌似就关闭服务器了，毕竟免费了那么久…….后者也非常好用，在前几期笔者有做过介绍，不了解的小伙伴可以看一下哈（PubMed的好基友，或许能帮你搞定选题…）下载这里笔者贴上下载

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